Per usare il sistema Trichoscan occorre selezionare uno spazio sul cuoio capelluto representativo di circa 1cm². Poi i capelli vengono tirati attraverso una maschera perforata e ridotti a una lunghezza di circa 1mm. Questo spazio va selezionato in modo che non sia visibile dopo il procedimento. Dopo tre giorno, i peli ispidi vengono tinti perchè vengano riconosciuti meglio durante l'analisi. Di seguito si effettua una ripresa microscopica con un ingrandimento di 20 volte che permette analizzare lo spazio.